
100DM: как Великобритания способствует глобальной миссии по борьбе с пандемией
Jul 19, 202310 лучших подносов на роликах: функциональные и красивые
Feb 03, 202410 автомобильных аксессуаров, которые обязательно должны быть в вашей следующей поездке
Mar 01, 202410 подарков для путешествий, которые сделают ваш следующий полет незабываемым
Jun 06, 202312 вещей, которыми стоит заняться в оживленном Спрингфилде, штат Миссури
Aug 26, 2023Моделирование тканей
Природная генетика (2023)Процитировать эту статью
2652 Доступа
40 Альтметрика
Подробности о метриках
Интегративный анализ полногеномных ассоциативных исследований и данных об экспрессии генов выявил участие многих критических для заболевания тканей. Однако совместная регуляция генетических эффектов на экспрессию генов в тканях препятствует различению биологически причинных тканей от меченых тканей. В настоящем исследовании мы вводим регрессию оценки тканевой совместной регуляции (TCSC), которая отделяет причинные ткани от меченых тканей путем регрессии статистики ассоциации ген-болезнь (из исследований ассоциаций в масштабе транскриптома) на оценки тканевой совместной регуляции, отражая корреляции прогнозируемых экспрессия генов в генах и тканях. Мы применили TCSC к 78 заболеваниям/признакам (в среднем n = 302 000) и модели прогнозирования экспрессии генов для 48 тканей GTEx. TCSC идентифицировал 21 пару причинных свойств ткани с частотой ложных открытий 5% (FDR), включая хорошо известные результаты, биологически правдоподобные новые результаты (например, артерия аорты и глаукома) и повышенную специфичность известных ассоциаций тканей и признаков (например, , подкожная жировая клетчатка, но не висцеральная жировая ткань, и липопротеины высокой плотности). TCSC также идентифицировал 17 причинных пар ковариаций ткань-признак при 5% FDR. В заключение, TCSC — это точный метод отличия причинных тканей от меченых тканей.
Это предварительный просмотр контента подписки, доступ через ваше учреждение.
Доступ к журналу Nature и 54 другим журналам Nature Portfolio.
Приобретите Nature+, нашу выгодную подписку с онлайн-доступом.
29,99 долларов США / 30 дней
отменить в любое время
Подпишитесь на этот журнал
Получите 12 печатных выпусков и онлайн-доступ.
189,00 долларов США в год
всего $15,75 за выпуск
Возьмите напрокат или купите эту статью
Цены варьируются в зависимости от типа статьи
от$1,95
до$39,95
Цены могут зависеть от местных налогов, которые рассчитываются во время оформления заказа.
Мы сделали общедоступными 78 сводных статистических данных GWAS и 41 сводную статистику по мозгу на https://github.com/TiffanyAmariuta/TCSC/tree/main/sumstats (https://doi.org/10.5281/zenodo.8030594)73. , модели прогнозирования экспрессии генов, общедоступные по адресу https://alkesgroup.broadinstitute.org/TCSC/GeneExpressionModels, статистика ассоциации TWAS, общедоступная по адресу https://alkesgroup.broadinstitute.org/TCSC/TWAS_sumstats, показатели совместной регуляции тканей, общедоступные по адресу https://github.com/TiffanyAmariuta/TCSC/tree/main/coregulation_scores, а результаты TCSC общедоступны по адресу https://github.com/TiffanyAmariuta/TCSC/tree/main/results. Данные об экспрессии генов и генотипах были получены из набора данных GTEx v.8 eQTL (dbGaP, номер доступа phs000424.v8.p2), а данные фазы 3 1000 геномов были загружены с https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/FUSION/. LDREF.tar.bz2. Исходные данные приведены в статье.
Программное обеспечение TCSC, включая краткое руководство, доступно по адресу https://github.com/TiffanyAmariuta/TCSC/ (https://doi.org/10.5281/zenodo.8030594)73. Симулятор TWAS Mancuso Lab доступен по адресу https://github.com/mancusolab/twas_sim. Программное обеспечение FUSION доступно по адресу http://gusevlab.org/projects/fusion. Код моделирования для RTC Coloc доступен по адресу https://github.com/TiffanyAmariuta/TCSC/tree/main/simulation_anaанализ.
Хексельман И. и Йегер-Лотем Э. Механизмы специфичности тканей и типов клеток при наследственных признаках и заболеваниях. Нат. Преподобный Жене. 21, 137–150 (2020).
Статья CAS PubMed Google Scholar
Онген, Х. и др. Оценка причинных тканей сложных признаков и заболеваний. Нат. Жене. 49, 1676–1683 (2017).
Статья CAS PubMed Google Scholar
Гамазон, ER и др. Использование атласа регуляции генов в 44 тканях человека для определения сложных вариаций, связанных с заболеваниями и признаками. Нат. Жене. 50, 956–967 (2018).
Статья CAS PubMed PubMed Central Google Scholar
0 for noncausal tissues at p < 0.05. (b) Power to detect the causal tissue per true value of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) in the causal tissue. A true positive event is defined as \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) > 0 for causal tissues at p < 0.05. (c) Bias on causal estimates of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) for different true values of the causal tissue \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\). Dashed lines indicate true values of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\). (d) Bias on noncausal estimates of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) for different true values of the causal tissue \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\). In all panels, we performed n = 1,000 independent simulated genetic architectures across different eQTL sample sizes (n = 100, 200, 300, 500, 1000, 1500); we used a one-sided z-test and the genomic block jackknife standard error to obtain p-values and data are presented as mean values ± 1.96 × s.e.m. The value of \({G}_{t{\prime} }\) is set to the total number of unique cis-heritable genes across all tissues./p>
0 for noncausal tissues at p < 0.05. (b) Power to detect the causal tissue per true value of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) in the causal tissue. A true positive event is defined as \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) > 0 for causal tissues at p < 0.05. (c) Bias on causal estimates of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) for different true values of the causal tissue \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\). Dashed lines indicate true values of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\). (d) Bias on noncausal estimates of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) for different true values of the causal tissue \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\). In all panels, we performed n = 1,000 independent simulated genetic architectures across different eQTL sample sizes (n = 100, 200, 300, 500, 1000, 1500); we used a one-sided z-test and the genomic block jackknife standard error to obtain p-values and data are presented as mean values ± 1.96 × s.e.m. The value of \({G}_{t{\prime} }\) is set to the total number of unique cis-heritable genes across all tissues./p>
0 for noncausal tissues at p < 0.05. Note, when there are 0 tagging tissues, there is no measurement of type I error. (b) Power to detect the causal tissue in which \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2} > 0\) for causal tissues at p < 0.05. (c) Bias on estimates of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) for the causal tissue, while changing the number of noncausal tissues in the model. The dashed line indicates that the true value of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\). (d) Bias on estimates of \({h}_{ge(t{\prime} )}^{2}\) for noncausal tissues, while changing the number of noncausal tissues in the model. In all panels, we performed n = 1,000 independent simulated genetic architectures across different eQTL sample sizes (n = 100, 200, 300, 500, 1000, 1500); we used a one-sided z-test and the genomic block jackknife standard error to obtain p-values and data are presented as mean values ± 1.96 × s.e.m. The value of \({G}_{t{\prime} }\) is set to the total number of unique cis-heritable genes across all tissues./p>
0 for noncausal tissues at p < 0.05. Note, when there are 0 tagging tissues, there is no measurement of type I error. (b) Power to detect the causal tissue in which \({\omega }_{ge(t{\prime} )} > 0\) for causal tissues at p < 0.05. (c) Bias on estimates of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) for the causal tissue, while changing the number of noncausal tissues in the model. The dashed line indicates that the true value of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\). (d) Bias on estimates of \({\omega }_{ge(t{\prime} )}\) for noncausal tissues, while changing the number of noncausal tissues in the model. In all panels, we performed n = 1,000 independent simulated genetic architectures across different eQTL sample sizes (n = 100, 200, 300, 500, 1000, 1500); we used a one-sided z-test and the genomic block jackknife standard error to obtain p-values and data are presented as mean values ± 1.96 × s.e.m. The value of \({G}_{t{\prime} }\) is set to the total number of unique cis-heritable genes across all tissues./p>

